研究

2010年11月14日 (日)

HiSeq2000が来るらしい

最近は次世代シークエンサーを使った解析は一段落して使っていなかったのですが、そろそろまた使おうかと計画中です。
そんな中、来月か再来月に次世代シークエンスファカルティにilluminaのHiSeq2000が3台導入される予定らしいです。
今までのはilluminaのGenome Analyzer IIxだった訳ですが、HiSeq2000ではリード数も2〜3倍に増えるのでゲノムを読むだけでなく、ChIP-SeqやRNA-Seqにも役立ちます。
一年と少し前にBerkeleyに来たときにはGAが2台だったのに、次々導入されて来年からは7台体制。この分野の流れの速さを感じます。ここ一年でChIP-Seq位は当然になってきています。
来年あたりは一分子シークエンサーも導入されるんじゃないかと思っているのですが、これはGAとかHiSeqとかとメソッドが異なるのでファカルティ的にはもう一人くらい人が雇えないと導入は難しいのかもしれません。

2010年10月 3日 (日)

リトリート

先週、facultyのリトリートでlake Tahoeに行ってきました。
これで大体1年のイベントは一通り体験したことになります。
Department of Molecular & Cell biologyは5つのdivisionに分かれていて、それぞれのdivisionでリトリートがあるようです。
金曜の昼にBerkeleyを出発して車で3〜4時間でLake Tahoeに到着し、その日の夜から各研究室の口頭発表、パーティ、土曜日は朝から口頭発表、昼前にポスター発表、半日自由時間があって、夜はまた口頭発表、パーティ、日曜日も午前中は口頭発表で昼に解散という結構ハードなスケジュール。パーティも夜遅くまでやっているので朝は辛いですが、9:00から発表が入ってます。
普段からいろいろなグループでセミナーがあるので、自分の研究と関係する話は聞けますが、普段はあまり関係しないグループの話も聞けて面白い集まりでした。

年間イベントも一通り経験したので、次は二度目のハロウィンパーティがやってきます。今年は何か準備しないと。

2010年9月10日 (金)

アメリカでアプライ出来るフェローシップ

留学するときも決して多いとは言えませんが、一度留学してしまうとアプライできるフェローシップの数がさらに減ります。というか、海外学振、上原くらいしかなくなります。
ボスが雇ってくれそうならこれらに通らなくてもなんとかなりますが、ボスが難色を示す様だとアメリカのフェローシップにアプライしてみる必要が出てきます。ボスが給料を出してくれそうでも給料アップのため、自身の自由の確保のためなどチャレンジしたほうがよいことも多々あるようです。アメリカではフェローシップ自体の数は多いですが、アメリカ人以外が出せるフェローシップになるとやはり限られてくるみたいです。
UC Berkeleyでは"Postdoctoral Fellowships in the Biological Sciences"というページを作ってくれていて、フェローシップを探すことができるのですが、ちらっと見ただけでも大部分はUS citizen onlyになっています。
という感じで数カ月前に調べてまずは海外学振に出したわけですが、最近アメリカに留学している方のブログで日本人がアプライできるフェローシップ一覧をまとめてくれているエントリーを見つけました。凄い貴重な情報です。見てみると思っていたよりも出せるフェローシップがあるんですね。ただ、たいてい学位取得後の年数で制限がかけられるので、学位取得後は早めに留学したほうがこういう所でも有利に働きます。

2010年6月22日 (火)

バジェットクライシス

昨今の不況によりカリフォルニア大も予算不足が続いています。
そのあおりを受けて7月まるまる一ヶ月次世代シークエンサーのファカルティはお休みだそうです。ファカルティの責任者はブログにぶーぶー文句を書いていましたが。
8月以降もいつもより長い順番待ちの列が予想されるので、一つボスとやろうと相談していた実験は少しペンディング。しょんぼりです。

2010年6月12日 (土)

UCBの次世代シークエンサー稼働状況など

最近は次世代シークエンサーを動かす解析も一段落して、個々の遺伝子をQ-PCRで定量することの方が多いのですが、シークエンスデータを解析する作業は続いています。
やることと言っても

シークエンスデータ(約30million read)

Bowtieでマッピング

出てきたデータから必要なところをcut、sort(unix shell)

作ってもらったプログラムに入れる

解析データのexcelファイルの出来上がり

ここまでは一晩Mac(unix)を動かせば出来るので、そこからの中身で前のデータと比較したり、差をとってみたり、パラメーターをかえてfittingしてみたりして何とかして新しいことを取り出せないかと試行錯誤する状態です。

次世代シークエンスのマッピングソフトならBowtieがいいように思います。アップデートも頻繁に行っているし、マッピングの後のgenome assembly(Crossbow)とRNA-seq(TophatCufflinks)用のソフトも用意されています。後はChip-seq用のソフトが有ればほぼいいのですが、それはまだ無いので何処か別のソフトを使わないといけません。

UC Berkeleyの次世代シークエンサーで読まれたDNAは去年が約600G、今年は半年で約850Gらしいです(ヒトゲノムで3G)。各月の推移も見せてもらったのですが、月によって上下はあるものの、右肩上がりに増えています。このあたりはアメリカの研究の強さを感じます。

2010年5月30日 (日)

気になった次世代シークエンス関連論文

一分子シークエンサーで読むことでDNAのメチレーションまで分かるらしい。しかしよく考えますね。
Direct detection of DNA methylation during single-molecule, real-time sequencing.
要旨だけちらっと読むと、メチル化された塩基の所でDNAポリメラーゼのキネティクスが変わるのでそこを検出する様子。
PacBioは来年にもこの機能を一分子シークエンサーに付けたいとのこと。次世代シークエンサーの需要全体から見るとあまり大きな需要じゃないかもしれないけど、エピジェネティクスな解析をやっている人達にとってはかなり大きな情報を得られる機会になるんじゃないでしょうか。

2010年5月 6日 (木)

read number

いわゆるRNA sequenceに分類される解析をやっているわけですが、そうするとリードの長さよりもリード数が重要になってきます。32bp読んでも72bp読んでもどちらでもほぼ確実に配列は同定可能なので、それならどれだけ数を読めたかで定量性とかが決まってきます。
だいたいillumina Genome Analyze IIxでリード数は20 millionを超える位。カタログスペック的には40 millionまで行くらしいけど、どこがlimitかは不明。シークエンスを頼むファカルティの人に聞いたけど、cDNAライブラリー作成より後のステップとソフトウェアが重要らしい。なので、cDNA作成までで変えるところはないよと言われたけど、どうなんでしょうかね。
100 ngのmRNAがあればかなり良質のcDNAライブラリーが作れるけど、今回は10 ngのmRNAからcDNAを作ったサンプルを頼んでみたので、それでリード数が変わるかどうか。少ないRNAからライブラリーを作ったので、ライブラリーの濃度は以前より薄い。もちろん、ライブラリー中のサンプルすべてを読むわけじゃないけど、スタートのRNA濃度とかライブラリーの濃度とかがリード数に影響をあたえるかどうかは気になるところ。

海外学振書類

今日、ボスから推薦状ももらったので海外学振書類をFedexで送付。
締め切りは5/14で、Fedex使うとアメリカから日本は二、三日らしいので少し余裕を見て到着するように本日送付。
提出した研究計画では次世代シークエンサーを利用することが多いので、日本で進めるのは難しいことはアピールしておいた。後は留学前の研究と方向性を変えてチャレンジしている事も。ただ、業績的にどうか。よほど中身が評価されないと難しいかなとは思っているけど。
8月の中頃には結果がでるみたいなのでまた結果は書きます。

2010年4月25日 (日)

PhDコースのプログラム

今いる研究室のメンバーはだいたい15人弱くらいで、半分位がPhDコースの学生です。
PhDコースはだいたい5年半から6年の一貫で修士課程というのが無く、基本全員PhDを目指すコースになっています。初年度は三つのラボをローテンションして、初年度の終りにどのラボに所属するかを決めるシステムになってます。
二年目の終り頃に今後の研究計画や基本的な知識について口頭発表があって、これは外部からも含む教授陣の前でクローズドで行われます。これはかなり重要な試験のようで、これが終わるとどこの研究室でもパーティーが開かれます。先月終りに、研究室の学生もこれを終えてパーティーでした。
三年目以降は研究室で研究となるようです。授業も無い(はず)です。
PhDの最後の過程は学位論文の提出になるのですが、驚いたことに学位論文を提出すれば終了の様です。大学全体でなのかこの学部のみでこういうシステムなのかはわかりませんが。なので、いわゆるディフェンスと呼ばれるような、教授陣を前に発表をしてPhDがもらえるか決まるといったことはなく、指導教官が出していいと思えばPhDはほぼ決まります。
普通はディフェンス位はどこの大学でもあるので、UCらしいといえばUCらしいのですが。
PhDをとった後も、しばらく研究室に残って研究をまとめながら次の行き先を探すというのが普通のようです。UC Berkeley卒だからかアメリカだからPhDの行き先があるのかは知りませんが、どこも行き先が無いということは無く、みんな数カ月の就職活動(?)で次の行き先を決めていきます。このあたりは日本よりも楽というか、PhD取得者の求人がしっかりあるという感じがします。

2010年3月14日 (日)

最近のシークエンサー動向

よく使っている機械の最近の動向は気になるもので、ちょくちょくシークエンサー関連のニュースは調べるようにしているのですが、今月初めにAdvances in Genome Biology and Technology (AGBT) meetingというのがあったらしく、色々新しい発表もあった様子です。
UC Berkeleyの次世代シークエンサーを管理しているファカルティの責任者もmeetingに行っていたらしく、ちょうどその時にサンプル依頼のメールを出したらフロリダでビーチが目の前なのに自由時間が無いだのコーヒーがマズイだの文句ばかりのメールが帰ってきました。

次世代シークエンサーが普及しだしたと思ったら第三世代の一分子シークエンサーがそろそろ販売開始だそうです。Pacific Bioscienceから10台がまず出荷。記事中には導入される大学も出ています。当然アメリカばかりです。
基板にポリメラーゼを固定してDNA鎖の伸長を蛍光標識したヌクレオチドで読んで行くと言うのがごくごく簡単な原理です。詳しい原理はPacBioのホームページにあるのでそのあたりを参照してください。第二世代のシークエンサーと比べて一つあたりのDNAが長く読めるのが売りですかね。

後は次世代シークエンサーはだいたい日本円で一台一億弱かかる訳ですが、もっとお手軽な500万程度で数十万read単位(数千万bp)のシークエンスが出来る機械が発表された様です。Ion Torrentというところが出す予定の機械がAGBTで発表されました。2〜3 million readで100 bp/readなのでだいたいillumina GAとかの1/10の解読能力くらい。でも値段が安い。1サンプルも$500くらいで読めるようになるらしい。原理はpyrosequenceに似ている感じです。DNA鎖伸長時の遊離のPを基板で読み取るため特殊な試薬が必要ないらしいです。

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