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2010年6月12日 (土)

UCBの次世代シークエンサー稼働状況など

最近は次世代シークエンサーを動かす解析も一段落して、個々の遺伝子をQ-PCRで定量することの方が多いのですが、シークエンスデータを解析する作業は続いています。
やることと言っても

シークエンスデータ(約30million read)

Bowtieでマッピング

出てきたデータから必要なところをcut、sort(unix shell)

作ってもらったプログラムに入れる

解析データのexcelファイルの出来上がり

ここまでは一晩Mac(unix)を動かせば出来るので、そこからの中身で前のデータと比較したり、差をとってみたり、パラメーターをかえてfittingしてみたりして何とかして新しいことを取り出せないかと試行錯誤する状態です。

次世代シークエンスのマッピングソフトならBowtieがいいように思います。アップデートも頻繁に行っているし、マッピングの後のgenome assembly(Crossbow)とRNA-seq(TophatCufflinks)用のソフトも用意されています。後はChip-seq用のソフトが有ればほぼいいのですが、それはまだ無いので何処か別のソフトを使わないといけません。

UC Berkeleyの次世代シークエンサーで読まれたDNAは去年が約600G、今年は半年で約850Gらしいです(ヒトゲノムで3G)。各月の推移も見せてもらったのですが、月によって上下はあるものの、右肩上がりに増えています。このあたりはアメリカの研究の強さを感じます。

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