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2010年6月

2010年6月22日 (火)

バジェットクライシス

昨今の不況によりカリフォルニア大も予算不足が続いています。
そのあおりを受けて7月まるまる一ヶ月次世代シークエンサーのファカルティはお休みだそうです。ファカルティの責任者はブログにぶーぶー文句を書いていましたが。
8月以降もいつもより長い順番待ちの列が予想されるので、一つボスとやろうと相談していた実験は少しペンディング。しょんぼりです。

2010年6月12日 (土)

UCBの次世代シークエンサー稼働状況など

最近は次世代シークエンサーを動かす解析も一段落して、個々の遺伝子をQ-PCRで定量することの方が多いのですが、シークエンスデータを解析する作業は続いています。
やることと言っても

シークエンスデータ(約30million read)

Bowtieでマッピング

出てきたデータから必要なところをcut、sort(unix shell)

作ってもらったプログラムに入れる

解析データのexcelファイルの出来上がり

ここまでは一晩Mac(unix)を動かせば出来るので、そこからの中身で前のデータと比較したり、差をとってみたり、パラメーターをかえてfittingしてみたりして何とかして新しいことを取り出せないかと試行錯誤する状態です。

次世代シークエンスのマッピングソフトならBowtieがいいように思います。アップデートも頻繁に行っているし、マッピングの後のgenome assembly(Crossbow)とRNA-seq(TophatCufflinks)用のソフトも用意されています。後はChip-seq用のソフトが有ればほぼいいのですが、それはまだ無いので何処か別のソフトを使わないといけません。

UC Berkeleyの次世代シークエンサーで読まれたDNAは去年が約600G、今年は半年で約850Gらしいです(ヒトゲノムで3G)。各月の推移も見せてもらったのですが、月によって上下はあるものの、右肩上がりに増えています。このあたりはアメリカの研究の強さを感じます。

2010年6月 9日 (水)

アメリカでワールドカップ日本戦をみる準備その2

いよいよ後一日と少々でワールドカップ2010が始まります。
先日、酵素を買いにストックルームへ行ったらなぜかストックルームにワールドカップの試合スケジュールが印刷された紙がおいてありました。
いつも品物の場所を聞いても最小限の答えしか返してくれない強面のストックルームのおっちゃんにこれは何だと聞いたら非常に嬉しそうでした。
「どこを応援している」
「カメルーンはタフな相手だ」
「試合スケジュールを調べるにはこのサイトがいい」
などなど話していました。酵素を持っていたので早くラボに戻りたかったのですが。
そんなストックルームのおっちゃんのおすすめのテレビスケジュールを調べるサイトはWorld Cup 2010 on TVらしいです。もちろんアメリカだけですが、アメリカ内の時差にも対応。ESPN3の表示は東海岸の時間なのでこっちのサイトを使って時間を調べておいてESPN3で見るのが一番いいようです。ESPN3での放送開始は試合の30分前からの様子。

ランチルームに置いてあった、出場32カ国紹介の雑誌をちらっと見たのですが、日本は長所:ボールが回せて人が動くことが出来る 短所:決定力 とありました。わかってらっしゃる。

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