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2010年5月 6日 (木)

read number

いわゆるRNA sequenceに分類される解析をやっているわけですが、そうするとリードの長さよりもリード数が重要になってきます。32bp読んでも72bp読んでもどちらでもほぼ確実に配列は同定可能なので、それならどれだけ数を読めたかで定量性とかが決まってきます。
だいたいillumina Genome Analyze IIxでリード数は20 millionを超える位。カタログスペック的には40 millionまで行くらしいけど、どこがlimitかは不明。シークエンスを頼むファカルティの人に聞いたけど、cDNAライブラリー作成より後のステップとソフトウェアが重要らしい。なので、cDNA作成までで変えるところはないよと言われたけど、どうなんでしょうかね。
100 ngのmRNAがあればかなり良質のcDNAライブラリーが作れるけど、今回は10 ngのmRNAからcDNAを作ったサンプルを頼んでみたので、それでリード数が変わるかどうか。少ないRNAからライブラリーを作ったので、ライブラリーの濃度は以前より薄い。もちろん、ライブラリー中のサンプルすべてを読むわけじゃないけど、スタートのRNA濃度とかライブラリーの濃度とかがリード数に影響をあたえるかどうかは気になるところ。

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