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2010年5月

2010年5月30日 (日)

気になった次世代シークエンス関連論文

一分子シークエンサーで読むことでDNAのメチレーションまで分かるらしい。しかしよく考えますね。
Direct detection of DNA methylation during single-molecule, real-time sequencing.
要旨だけちらっと読むと、メチル化された塩基の所でDNAポリメラーゼのキネティクスが変わるのでそこを検出する様子。
PacBioは来年にもこの機能を一分子シークエンサーに付けたいとのこと。次世代シークエンサーの需要全体から見るとあまり大きな需要じゃないかもしれないけど、エピジェネティクスな解析をやっている人達にとってはかなり大きな情報を得られる機会になるんじゃないでしょうか。

2010年5月29日 (土)

アメリカでワールドカップを見る

もうすぐワールドカップが始まるわけですが、どうやって試合を見ようか色々思案中です。
アメリカではサッカーは見るよりもするスポーツな感じですね。南カリフォルニアとかラティーノの人達が多い地域に行けば少し違うのかもしれませんが、テレビ放送はあまり見ないです。たまにMLS、メキシコリーグをスペイン語放送で放送しているようですが。
後は色々な国から人が来ているので、公園で小さいゴールを置いてやっているのを良く見かけます。

調べた結果、テレビ放送はABCで土日は一試合だけ放送する様子。このため、金曜土曜で行われる準々決勝の金曜分、火曜水曜で行われる準決勝の無料放送は無いと思われます。というかアメリカ代表の試合も初戦のvs Englandのみ放送予定。
後はESPNで全試合放送をするらしいです。もちろんゲーブルか衛星の加入が必要な有料放送ですが。

KeyHoleTVでは接続が殺到して見られないことが予想されます。どうしたものかと思っていたら、前述のESPNでESPN3というところで無料インターネット放送をしてくれる事を発見。今のアパートは高速回線では無いので画質はあまり良くないですが、ボールの動きが追えるくらいの画質で見れる事は確かめました。とりあえずこれでなんとかワールドカップの日本戦は見られそうです。後は、日本戦の時間ですが、pacific timeでの放送開始時間はおそらく
6・14 6:30 対カメルーン
6・19 4:00 対オランダ
6・24 11:00 対デンマーク
となっている様子。もちろん午前。オランダ戦は少し起きるのがつらいのとデンマーク戦は平日昼間というのが難しい。
ESPN3では親善試合もちょくちょく放送しているので、各国の親善試合も見ながら楽しんでいければいいなと。この前の日韓戦も見ましたが、この試合についてはノーコメントで。

2010年5月23日 (日)

自転車通勤

運動不足になりがちなので、自転車通勤を始めています。
バークレーでは5月にもなると雨が降る日が少なくなり、夜も8時位まで明るいので、毎日気持ちよく往復しています。
だいたい家から学校までが5 kmくらいで30分弱くらい。メリットは
・健康的(と感じる)
・バスより早い。帰りはバスを待つ時間が無いので特に早い
デメリットは
・行きは緩い登りが続くので少々疲れる
・天気予報を気にする
といったところでしょうか。
自転車専用レーンがあるなど、自転車が走りやすい道路になっているのは非常に助かります。


2010年5月 8日 (土)

自転車が盗まれました

二週間ほど前にアパートの前に止めておいた自転車が盗まれました。ロックをしていた(はず)なのですが。ラボの学生とその話していたら彼は一年で二度盗まれたとか言っていたので、外に長期間止めていたのはやはり危険な様子。
自転車がないと買い物、洗濯に行くのも一苦労なので、諦めて中古を購入。車体+サドル新品+Uロックで約$250の臨時出費。もう盗まれるのは嫌なので今回はアパートの中に入れるようにしました。
中古の自転車を買いに行ったのはここ。yelpでの評判も良いのでバスを乗り継いで行ってきました。中古でもフレームは古いけどその他の部品はほぼ総とっかえで調整されているので状態は非常にいいです。ようやく雨が降るシーズンが終わり、9、10月までほとんど雨が降らないらしいので自転車通勤を検討中。だいたい30分位かかるけど、それでもバスとか電車よりも5分程度早い。行きは上り坂で少し辛いけど、帰りは下りで今のシーズンは夜の8時くらいまで明るいし、バスだと行きはいいとして帰りに時間が読めないので。

2010年5月 6日 (木)

read number

いわゆるRNA sequenceに分類される解析をやっているわけですが、そうするとリードの長さよりもリード数が重要になってきます。32bp読んでも72bp読んでもどちらでもほぼ確実に配列は同定可能なので、それならどれだけ数を読めたかで定量性とかが決まってきます。
だいたいillumina Genome Analyze IIxでリード数は20 millionを超える位。カタログスペック的には40 millionまで行くらしいけど、どこがlimitかは不明。シークエンスを頼むファカルティの人に聞いたけど、cDNAライブラリー作成より後のステップとソフトウェアが重要らしい。なので、cDNA作成までで変えるところはないよと言われたけど、どうなんでしょうかね。
100 ngのmRNAがあればかなり良質のcDNAライブラリーが作れるけど、今回は10 ngのmRNAからcDNAを作ったサンプルを頼んでみたので、それでリード数が変わるかどうか。少ないRNAからライブラリーを作ったので、ライブラリーの濃度は以前より薄い。もちろん、ライブラリー中のサンプルすべてを読むわけじゃないけど、スタートのRNA濃度とかライブラリーの濃度とかがリード数に影響をあたえるかどうかは気になるところ。

海外学振書類

今日、ボスから推薦状ももらったので海外学振書類をFedexで送付。
締め切りは5/14で、Fedex使うとアメリカから日本は二、三日らしいので少し余裕を見て到着するように本日送付。
提出した研究計画では次世代シークエンサーを利用することが多いので、日本で進めるのは難しいことはアピールしておいた。後は留学前の研究と方向性を変えてチャレンジしている事も。ただ、業績的にどうか。よほど中身が評価されないと難しいかなとは思っているけど。
8月の中頃には結果がでるみたいなのでまた結果は書きます。

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