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2010年3月14日 (日)

最近のシークエンサー動向

よく使っている機械の最近の動向は気になるもので、ちょくちょくシークエンサー関連のニュースは調べるようにしているのですが、今月初めにAdvances in Genome Biology and Technology (AGBT) meetingというのがあったらしく、色々新しい発表もあった様子です。
UC Berkeleyの次世代シークエンサーを管理しているファカルティの責任者もmeetingに行っていたらしく、ちょうどその時にサンプル依頼のメールを出したらフロリダでビーチが目の前なのに自由時間が無いだのコーヒーがマズイだの文句ばかりのメールが帰ってきました。

次世代シークエンサーが普及しだしたと思ったら第三世代の一分子シークエンサーがそろそろ販売開始だそうです。Pacific Bioscienceから10台がまず出荷。記事中には導入される大学も出ています。当然アメリカばかりです。
基板にポリメラーゼを固定してDNA鎖の伸長を蛍光標識したヌクレオチドで読んで行くと言うのがごくごく簡単な原理です。詳しい原理はPacBioのホームページにあるのでそのあたりを参照してください。第二世代のシークエンサーと比べて一つあたりのDNAが長く読めるのが売りですかね。

後は次世代シークエンサーはだいたい日本円で一台一億弱かかる訳ですが、もっとお手軽な500万程度で数十万read単位(数千万bp)のシークエンスが出来る機械が発表された様です。Ion Torrentというところが出す予定の機械がAGBTで発表されました。2〜3 million readで100 bp/readなのでだいたいillumina GAとかの1/10の解読能力くらい。でも値段が安い。1サンプルも$500くらいで読めるようになるらしい。原理はpyrosequenceに似ている感じです。DNA鎖伸長時の遊離のPを基板で読み取るため特殊な試薬が必要ないらしいです。

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コメント

PacBioのもう市場にでるのですね。でも能力の向上が目覚ましいぶん、数年で時代遅れになってしまうのでしょうか?

使う方が追いついてないので、さすがに数年では時代遅れにはならないかと。
第三世代もリード数自体は第二世代と変わっていないので、まだ第三世代に魅力を感じませんし。ヒトゲノムを速く読むとかなら第三世代なんでしょうけど。

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