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2009年12月20日 (日)

次世代シークエンサー

数カ月前まで、こんなに早く使うことになるとは思わなかったのですが、いわゆる次世代シークエンサーを使った解析をやることになってます。
UC Berkeleyでは学内で次世代シークエンサーの施設があって、そこにilluminaのGenome Analyzerが2台入ってます。そこには専門のマネージャーがいて、最近テクニシャンを雇って現在二人で依頼を受けたサンプルをシークエンサーにかけているようです。サンプルは機械にかける前の段階までは自分で処理する必要がありますが、後はサンプルを持っていけばシークエンサーにかけてもらえます。
来年にはもう一台シークエンサーを導入することになっていると聞いています。2台で動かしていても順番待ちとなって結果が帰ってくるまで2〜3週間、シークエンサーにトラブルがあったりマネージャーが休みに入ると1〜2ヶ月かかっていたみたいなので、テクニシャンを雇って、さらに台数を増やして安定稼働に向かっているようです。

次世代シークエンサーはilluminaやABIが日本でも積極的にセミナーを行っていて、そろそろ導入を考えていたり、導入を決めた大学があるかもしれませんが、その間にアメリカでは絶え間なく利用していることを考えると、この分野に関しては少し遅い反応だと思います。
今言われている次世代シークエンサーの次の世代のシークエンサー(一分子シークエンサー)が早くも実用化されている現状なので、この分野の進展は今非常に早くなってます。もしかしたら、日本で次世代シークエンサーが普及する頃にはすでにアメリカなどではその次の世代が普及しだしているということにもなりかねないと思います。

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コメント

はじめまして

 日本の修士課程に在籍している者です。今UC Berkeley を含む何校かのPhDコースへの出願をしています(Berkeley は先日締切でした)。
 一つお聞きしたいのですが、MCBはじめやはりbiology系が最近人気の専攻でしょうか。僕は材料科学、特に代替エネルギー開発用のナノ材料を学びたい旨を書いて出願したのですが、あまりに人気で高倍率なところでなければいいなあと今になって思っています。もしPhD課程での専攻別の人気について何かご存知でしたら教えて頂けますか。

こんにちは

人気についてはわかりません。すいません。
といいますか、こちらの人々は人気とか日本ほど気にしていません。
倍率についてもあまり気にすることはなく、ちゃんと水準に達している学生は予定よりも多くても取ります(もちろん限度はあるでしょうが)。

UCBに出せるということはかなり優秀なのでしょう。受かるといいですね。
自分が大学から大学院生の時は海外の院に行くなんて全く考えてなかったです。

早速のお返事ありがとうございます。
少し安心致しました。それでも不況の中、州立大学の留学生枠は狭まっているそうで油断できません。受かるといいなあ。

次世代シークエンサー
In Sanger UK we have about 36 Illumina and 2 454 machines. Sanger is waiting to get the third generation techs of Oxford Nanopore Technologies or Pacificbio. Broad has 89 Illumina machines...

Since Japanese institutes are late to acquire sequencing machines, they might be in a good position to get the third generations, though they will not work well in the beginning...

RNAをダイレクトに読む第三世代の一分子シークエンサーを理研が導入すると聞きましたが、まだ共同研究みたいな形でしょうね。
illuminaが性能半分、価格1/4の新型を出した様なので、日本でも導入はじわじわ進むと思います。
ですが、香港の研究所がilluminaの新型(HiSeq2000)を100台以上注文したというニュースがこの前出ていて、世界的に大量導入が進んでいる中、日本の動きは遅いと思います。

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