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2009年12月

2009年12月30日 (水)

2009年の終わり

さて、今年ももうすぐ終りです。
といっても、こちらは30日の夜なので後丸一日あるのですが。
留学できると決まったのがちょうど約一年前の12月。今年前半は準備、秋からは新しい国で新しいテーマでスタートとこれまでの中でもかなり慌ただしい一年でした。
アメリカでの生活にも慣れてきたので、来年は研究の方で充実した一年にできればいいなと思っています。

大晦日も少し研究室に行って、新年は3日に少し研究室に行って、4日からは普通に行く予定。4月の始めに一週間ちょっと一時帰国するつもりなのでそこまではできるだけ休まずに実験を進めないとと思う今日この頃です。

2009年12月29日 (火)

物品の注文とストックルーム

クリスマスから続く休暇で研究室は今日もあまり人がいませんでした。カレンダーを見ると1/4から普通にみんな出てきそうですが。
そんな中でも何人かは実験をしているわけで、実験をしているからには物を消費していて、物がなくなれば注文しなければならなかったり作らなくてはならなかったりします。
日本では物品の注文は卸の業者を介して注文でしたが、アメリカではメーカーに直接注文です。直接注文と言っても、注文する物品を入力するサイトがちゃんとあって会計上の話もあるので、学部の事務を通して注文しているイメージです。品物は直接研究室に送られてきます。
もちろん卸を通さないのでその分安くなるというメリットはあるのですが、メーカー品切れだと普通に1、2ヶ月は品物が来ないということもあったりします。品物が税関で迷子になっていても直接調べないとなりません。卸を通すと、代替品やメーカー品切れのものをなんとか都合をつけてもらうとか届かなかったら調べてもらうとかできるので、メリット・デメリットありといったところでしょうか。

そんな中、非常に便利なのが建物にストックルームがあって、プロトコールペーパーなど文房具、ペーパータオルなどの消耗品、DNA精製キット、よく使う制限酵素、修飾酵素はここで購入することができるという仕組みです。もちろん買うと言っても研究費なので所属とか研究室を書くだけで処理されるのですが。ストックされていない品物もメーカーによってはストックルーム経由で買うことができて、到着も早いです。タイマーなんかはみんなストックルームで購入しているのでほぼどこの研究室でも同じタイマーを使っていたりします。
このストックルームが年末30日まで空いていて、新年も4日から開始という年末まで研究室にいる人にとってありがたいスケジュールになっています。昨日も酵素と薬包紙を購入。
日本にいるときは注文し忘れで隣の研究室に酵素を借りに行くとかあったりしたので、この仕組みは真似してもらいたいと思います。夜に切れたら同じなのですが。

2009年12月25日 (金)

バークレーでの食事

食事と言っても、ほとんど外で食べることはないのですが。日本にいた時は昼はたいてい学食だったのですが、こちらでは自分で弁当を作って持っていってます。昼は研究室の多くの人が自分でパン、サラダ、果物とかを持ってきて食べてます。サンドイッチとかテイクアウトを買ってきて食べると平均$5.5位でしょうか。サイズがアメリカンでかなりでかいのが食べられますが。こちらではベーグルなどパン系はたいていどこも美味しいです。逆にコメ系は店を選ばないと食べられたものじゃないですが。

自炊するうえで重要なのは日本の食材が手に入るかという点ですが、これはなんとかなってます。ベイエリアだとサンノゼあたりまで行くと大きな日本系のスーパーがあったりするのですが、バークレーには大きな日本系スーパーはありません。小さな日本系スーパーが二つあり、そこに行けば大抵のものは手に入るので重宝しています。「Tokyo Fish Market」と「八百屋さん」という名前で、Tokyo Fish Marketでは新鮮な魚が手に入るので、日本人以外にも人気があります(刺身用の魚も手に入る)。反面、Tokyo Fish Marketでは肉はあまり売っていないので八百屋さんにいって薄切り肉を買ったりします(アメリカでは薄切り肉を売ってない)。最近では99 Ranch Marketという中国系のスーパーで頼むと薄切り肉にしてくれることがわかったのでもっぱらこっちを利用してますが。

家賃が高く自炊で少しでも安く済ませたいので、外には食べに行かないのですが、このあたりで店を探す場合はみんなyelpを利用している様です。バークレーはいろいろな店がありいろいろな国の料理が食べられるのですが、yelpを利用して評判のいい店を探している様です。yelpはいわゆる口コミサイトなのですが、食べ物に限らずいろいろな店の評判を探すことができます。最近ではgoogleが買収するという噂もあり、実際に買収されたらgmapと連携してクチコミが表示されるとかなるのでしょう。

2009年12月20日 (日)

次世代シークエンサー

数カ月前まで、こんなに早く使うことになるとは思わなかったのですが、いわゆる次世代シークエンサーを使った解析をやることになってます。
UC Berkeleyでは学内で次世代シークエンサーの施設があって、そこにilluminaのGenome Analyzerが2台入ってます。そこには専門のマネージャーがいて、最近テクニシャンを雇って現在二人で依頼を受けたサンプルをシークエンサーにかけているようです。サンプルは機械にかける前の段階までは自分で処理する必要がありますが、後はサンプルを持っていけばシークエンサーにかけてもらえます。
来年にはもう一台シークエンサーを導入することになっていると聞いています。2台で動かしていても順番待ちとなって結果が帰ってくるまで2〜3週間、シークエンサーにトラブルがあったりマネージャーが休みに入ると1〜2ヶ月かかっていたみたいなので、テクニシャンを雇って、さらに台数を増やして安定稼働に向かっているようです。

次世代シークエンサーはilluminaやABIが日本でも積極的にセミナーを行っていて、そろそろ導入を考えていたり、導入を決めた大学があるかもしれませんが、その間にアメリカでは絶え間なく利用していることを考えると、この分野に関しては少し遅い反応だと思います。
今言われている次世代シークエンサーの次の世代のシークエンサー(一分子シークエンサー)が早くも実用化されている現状なので、この分野の進展は今非常に早くなってます。もしかしたら、日本で次世代シークエンサーが普及する頃にはすでにアメリカなどではその次の世代が普及しだしているということにもなりかねないと思います。

研究室の休日

そろそろクリスマスシーズンですが、研究室では先週辺りから少しづつ冬休みに入りだし、月曜から研究室のメンバーの半分以上が冬休みに入る様子です。個人的にはまだ来て三ヶ月なので、できるだけ休まず実験を進めようと思ってますが。
だいたいみんな二週間くらい休むんでしょうか。大学の共同利用施設などもクリスマス前の23日から休みに入り、きっちり二週間休むようです。おそらく、建物の掃除とか使用後の機器の洗浄をやってくれる方々もそのスケジュールで休みでしょう。

こちらに来てから、アメリカの祝日はコロンブスディ、退役軍人の日、サンクスギビングとあって、今週クリスマスがあるわけですが、明らかに祝日の重みが違います。コロンブスディ、退役軍人の日は普通にみんな研究室に来て実験してました。授業とかはなかったようですが。バスも平日ダイヤで運行されてました。反対にサンクスギビングの前後はほとんど誰もいません。このあたり、休日は休日で休み、平日は平日な感じに慣れていたので若干戸惑うこともありますが。

2009年12月13日 (日)

バークレーでの日本語放送

インターネットのおかげで日本語に飢えるということはほとんど無いのですが、それでも日本語放送と日本の本はあると嬉しいものです。インターネットも日本ほど光回線が普及しているわけではないので、動画を見ようと思うと少し苦しいです。本に関してはサンフランシスコの紀伊国屋書店で1.5倍〜2倍の値段で手に入らないことは無いですが。

こちらでの日本語放送はTokyo TVFuji TV(日本のフジテレビとは多分無関係)というところがKTSFのチャンネルを使って放送しています。プログラムは月〜金の朝に30分、日本のニュース(フジテレビの夕方のニュース)+アメリカのニュース、土曜日の夜に大河ドラマ、日曜日の夜にNHKニュースとドラマ(フジテレビ系)といったところです。季節ごとにスペシャル番組も放送されます(この前は、「駅路」と「はいからさんが通る」)。

ケーブルテレビは契約すれば24時間日本語放送のテレビジャパンという手もあるのですが、これは契約していないので見れません。このチャンネルはNHKを中心に色々24時間日本の番組を放送している様です。坂の上の雲は見たいのですが、テレビジャパンじゃないと見れないんですね。

アメリカに来る前に実家かどこかにロケーションフリーを設定しておいて、見るという手もあるのですが。まねきTVを利用することもできますが、結構お値段しますね。ロケーションフリーの機器代+初期費用+月々¥5000ですか。そこまでして日本の番組を見ることもない気がします。

もう一つ、KeyHoleTVというフリーソフトがあって、これを使うと日本の番組をリアルタイムで見ることができます。それほど速くないADSL回線でもそこそこ使えますが、画像はワンセグかそれ以下のレベルで音声もズレがちです。
もっとも、時差があるので見たい番組がちょうどいい時間に見れないことが多いのですが。

2009年12月12日 (土)

研究室のセミナー

こちらの研究室でのセミナーですが、基本的には週一回、発表は一人で1〜1.5時間程度です。回ってくるのは三、四ヶ月に一回位でしょうか。
それ以外にテーマが近い人達のグループで集まって毎週一回、1〜2時間程度のミーティングがあります。ボスを含めて3〜6人位で実験の進み具合などを話しあいます。

研究室のセミナー以外にも前述の三つのラボの合同セミナーが同じく週一回。こちらは半年少々に一回位で回ってくるようです。もちろん、MCBのセミナーとしていろいろなテーマについてセミナーが毎日の様に開かれています。

この他にも、MCB全体で酵母を扱っている研究室、RNAを扱っている研究室などが集まって月一回程度、合同セミナーが開かれ、だいたい一回に2、3研究室が発表してます。酵母を扱っている研究室のセミナーではfermentative byproductが準備されたりします。
また、これらの集まりから、年に一回、サンフランシスコやスタンフォードなども含めたBay Areaの研究室が集まって研究会も開かれたりしている様です。
このあたりのたくさんの研究室が集まって日頃からセミナーが開かれているのは日本と違うなと思います。

2009年12月 6日 (日)

バークレーの通学事情

仲介をしてくださる方に紹介された物件はアルバニーという場所にあって、大学まではだいたい3〜4マイル(5〜6キロ)の所に住んでいます。
研究室への主な通学手段は三つあって、自転車、電車(BART)、バスとなります。どれを利用してもだいたい30分位かかります。それぞれ利点、欠点があるわけですが、一つずつ紹介しますと。

自転車
利点:
・日本と比べて道路が広く、自転車レーンがある道もあるので走りやすい
・待ち時間なし
・健康的
・(盗まれなければ)もっとも経済的

欠点:
・大学が坂に沿って作られているので、基本行きは上りが多い
・盗まれる危険性
・天気次第

ポピュラーな移動手段な自転車。日本と違いママチャリはありません。ルートを考えて走れば大通りを通らずにまたは自転車専用レーンのある大通りで通学可能です。ただ、大学に向かうにはどうしても上り坂が多めなので、行きは疲れます。あとは盗難の可能性が常にあります。天気に関しては冬は雨の可能性もあるので、天気予報で雨降りそうなら電車かバスでという手も。研究室の自転車通学の人たちは雨でも自転車ですが。
あとは暗くなってからの帰りが若干危険ですかね。駅やバス停からの歩きも同じ問題があるのですが。

電車(BART)
利点:
・比較的正確に運行されているので時間が計算できる
・自転車を載せることもできる

欠点:
・高くつく
・MCBの建物に通う分には問題ないけど、建物の場所によっては駅から歩く

BARTは結構時間に正確に運行されていて、平日は10分も待てばだいたい電車が来るので日本の電車と同じような感覚で使えます。うちからだとBARTの駅まで徒歩だと15分。そこから二駅でDowntown Berkeley駅について、駅から徒歩5分で研究室の建物につく感じです。MCBの建物はもっともBARTの駅寄りにあるので、さらに奥の方の建物に行くにはだいぶ歩く必要があるのですが。あと、二駅で片道$1.75で、割引が殆どないので毎日通うことを考えると高くつきます。

バス
利点:
・バークレーの学生、職員は安く使える
・自転車を載せることもできる

欠点:
・来る時間が読めない

バスを使う最大の利点は割引がある点です。職員は月$34でどの路線も乗り放題。一年パスを買う必要がありますが、解約すれば残りの月分は戻ってくる様です。うちからバス停までは徒歩10〜15分。バスを降りて徒歩5分で研究室の建物へ。大学の奥の方にもバスは行くので、BARTだと歩くのが辛い建物でもバスなら問題ないはず。ただ、時間が全くもって読めません。行きは家をでる時間がだいたい時間が決まっているので、だいたいの時間は読めるようになってきたのですが、時間がバラバラな帰りは30分近く待つことも。たまに30分待って、2台連続で来るとか起きます。

今は予算的な都合でパスを買ってバスを使って通っています。週末研究室に行く時は運動もかねて自転車も使います。

2009年12月 5日 (土)

Molecular & Cell Biologyの研究室

どこのアメリカの研究室でも同じだと思いますが、日本と比べると機器が古かったりします。
機械よりも消耗品、人件費に予算を使っている感じでしょうか。
今いる研究室も1.5mlチューブを回す冷却遠心機はありません。低温室に遠心機がおいてあって、それで回しています。20分も回すと明らかに4℃ではなくなっているのですが。
ただ、研究室間での機械の貸し借りは当然のように行われていて、この機械はこの研究室にあるから借りるということが普通です。
日本だと同じ機械が各研究室にあってたまにしか使われずに眠っていることも多々あるので、最小限で貸し借りしていた方が無駄がないのですが、思い立ったときに使えないこともあるのでこのあたりは利点も欠点もあります。
ただ、大型機械になると共同利用施設がしっかりしているのでサンプルを渡すと解析してくれます。もちろん費用はかかりますが。このあたりはすべて自分で動かすことが多かったことを考えると楽です。

今いる建物は見かけは新しいですが、研究室に入ると結構ボロかったりします。あと、多分これはこの建物だけかもしれませんが、隣の研究室とは研究室の中でつながってます。なので隣の研究室との行き来はかなり自由に行われます。ドアは一応ありますが、大抵は開けてあります。このあたりは上で書いたように機械の貸し借りのこともあって、かなり便利な作りになっていると思います。

あとは、今いる研究室は隣の研究室、その隣の研究室の三つの研究室が協力して、生化学試薬や消耗品や機械を共有する体制をとってます。生化学試薬置き場や調整する場所は三つの研究室の真ん中辺りにあって、そこで調整しています。機械なども三つの研究室のどこかにあればそれを自由に使う感じで使ってます。さすがにアメリカでもこの体制は珍しいようですが。
週一回三つの研究室合同でセミナーも行われますが、セミナー関係はその他の活動も含めてまた別の時に書きたいと思います。

2009年12月 2日 (水)

バークレー近辺の住宅事情

いまさら書くまでもないかもしれませんが、アメリカ(特に都市)は家賃が高いです。
カリフォルニアあたりだと全域で家賃が高く、東京都心かそれ以上と言われています。

バークレー近辺も周りと同等の家賃がかかります。
Studioといわれる一部屋(LDK。日本換算だと10〜12畳くらいかな)で$1,000/month程度。一つベットルームがつく(1BR)と$1,200〜$1,300/month程度。2BRだと$1,300〜$1,400/month程度が相場でしょうか。もちろんこれに電気ガス水道電話インターネットなどの月々かかる費用が必要な訳です(込みの物件もあるけど)。
LDK+ベットルームで日本換算だと10畳+6畳程度の広さになるので、面積あたりの単価で考えると東京と同じくらいでしょうかね。一人暮らしなのであまり広いアパートは必要じゃないのですが。
UC Berkeleyに通えるところは全体的に中、高級住宅地なので、特にどこかの地域が安いとかはあまり無いですね。

こちらにはアパート仲介の不動産屋というのが存在しないので、基本的にアパート借りるのは個人契約となります。大学のハウジングオフィスに登録しておけば大学近辺のアパート情報が回ってくるらしいけど、あまり期待できないらしい。
それよりも、craigslistというインターネット掲示板で賃貸を決める人が多いと聞く。このcraigslistは超巨大売ります買います貸します掲示板で個人でいろいろなカテゴリーの売ります買いますが掲載できるもの。基本的に文字情報しかなく、場所を起点で探すには不便なcaigslistですが、craigslistに乗っている貸します情報をgoogle mapに対応させたサイトも存在するので、そういうサイトをつかってうまく探すのがいいらしい。

個人的にどのように今住んでいる場所を探したかというと、サンフランシスコ近辺のアパートを仲介してくれる日本人の方に頼みました。言葉もろくにわからない土地でいきなり掲示板の個人契約とか無理だと思ったのと、セットアップにあまり時間をかけたくなかったので頼むこととしました。
日本学術振興会サンフランシスコ研究連絡センターのホームページにバークレー生活情報があり、そこにもいくつかアパートを仲介してくれる方の連絡先が乗っていますので、日本いる時からある程度情報が欲しいとか、セットアップをする時間がないという方は利用するのも一つの手かなと思います。

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